近年来，国家及各地积极探索加强宅基地管理的政策措施，宅基地管理逐步走向规范，秩序明显好转。但目前农村宅基地在用地及管理上，配置效率低下,管理粗放等问题仍普遍存在，村庄建设用地粗放与城乡经济和社会可持续发展极不协调。社会主义新农村建设中，新情况新问题增多。
1.法律法规不完善，有关规定滞后，加大了宅基地管理难度
关于农民宅基地管理的法律法规数量少，且效力层次低，宅基地管理在很大程度上依靠规范性文件和地方政策调整。目前我国还没有一部调整农村房屋和土地方面的民事法律。近年来，一些地方虽然制定了相关的宅基地管理办法，但由于各地宅基地管理政策内容不统一，且有的地方管理办法不够规范，加上各地管理力度上的差异，宅基地管理效果差异很大。2004年11月国土资源部虽出台了《关于加强农村宅基地管理的意见》，但以部门意见的形式出台，法律效力低。与立法较为完备的城市房地产管理相比，农村宅基地方面的立法滞后，不仅存在大量的法律真空，而且内容比较粗浅。法律法规不完善进一步增加了宅基地的管理难度。
2.宅基地规划滞后，在一定程度上导致农村住宅建设用地规模失控
部分�。ㄇ�、市）宅基地只有数字规划，没有落实到具体的点和面上，缺乏村庄布局规划和控制性详细规划，未能合理确定农村居民点的数量、布局和用地规模，导致农村住宅建设用地规模在一定程度上的失控。
3.“空心村”、空置住宅依然存在，超标准占地现象较为普遍
据2004年对四川省双流县中和镇城区外缘3个村的典型调查看，村内空闲地总面积260.4亩，占居民点用地总面积的30.8％；空置住宅468户，空置比例为19.4%。
宅基地超标准占地现象较为普遍。中和镇3个村超标准占地总面积251.6亩，占宅基地总面积的42.7%；人均居住用地67.87平方米，是当地宅基地面积标准的2.7倍。北京市青云店镇户均宅基地1.2亩，超标准占地面积占宅基地总面积的59%。
4.宅基地的市场流转面临体制性障碍，隐形交易、产权纠纷多
经济发达地区的农民宅基地和房屋流转已十分活跃，形成了自发的宅基地隐形市场。据2004年《北京农民宅基地与房产制度研究》课题组对北京市朝阳、昌平和怀柔三个区各选择的1~3个村的典型调查看，宅基地流转已占宅基地总数的10%左右，有的甚至高达40%以上。
由于有关流转的法律法规滞后，一方面大量宅基地私下流转，扰乱了土地市场的正常秩序；另一方面，宅基地隐形交易加剧了土地权属混乱和产权纠纷，增加了土地管理的难度。
5.农村宅基地初始登记发证工作进展缓慢，一些政策性问题突出
土地登记费的取消，使宅基地登记发证工作失去了经费支持，登记发证工作进展缓慢。福州市马尾区国土资源局截至2004年底宅基地登记发证覆盖率虽已达到90%，但1988~1993年登记发证率就已达到83.09%，取消收费政策以后，登记发证率仅为7.91%。同时，当前农村宅基地登记发证过程中，对于“超标准面积”、“一户多宅”等土地登记尚未有明确的政策规定。
6．新农村建设中，盲目推行农宅公寓化
当前，随着社会主义新农村建设的推进，部分地方未能正确领悟建设社会主义新农村的目标，一些地方存在盲目推行农宅公寓化、建设农村社区等现象。且新的农民公寓化受各村行政界限的限制，各自为政，不利于节约集约用地。据有关部门调研统计，某市正积极推行“农宅公寓化”，根据该市当前居住在农村的人口数及“农宅公寓化”标准计算，该市农民公寓的年均建设用地面积将与该市的商品房开发面积相当。如此“先建后拆再建”的大拆大建，将在一定程度上导致新一轮的用地扩张，且一味追求形式，并不符合新农村建设提出的有利生产方便生活的原则。
同时，一些地方以“新村建设”名义，通过村庄整治和旧村改造，一方面腾退宅基地作为建设用地指标，规避了建设用地指标的审批和管理；另一方面，因未理顺土地腾退后产权归属及收益分配关系，在宅基地腾退中农民也未充分享受到腾退土地收益。
针对上述问题，在建设社会主义新农村的进程中，必须加强农村宅基地管理，实行宅基地制度创新，建立与完善相关配套制度和政策。
1.加强宅基地立法体系建设，规范宅基地管理
加强宅基地立法体系建设，尽快出台《农村宅基地管理办法》、《集体建设用地流转管理办法》及《土地登记条例》等，明晰宅基地产权，明确宅基地流转、收益分配及宅基地登记发证等问题。
2.加强宅基地规划管理，有计划有步骤有重点地逐步推进农宅集居化建设
根据经济发展和工业化、城镇化进程的客观需要，科学预测农村居民点的数量和用地规模。结合新一轮土地利用总体规划修编工作和社会主义新农村建设，完善乡（镇）土地利用总体规划，安排专项资金编制村庄土地利用规划、村庄建设规划和开展村庄治理试点，从严控制村庄建设用地及宅基地用地规模和布局。通过充分发挥村庄规划的控制和引导作用，统筹安排城乡存量建设用地，整合优化农村居民点布局和用地，从而有计划有步骤有特色地改善农村生活和村容村貌。
对于二三产业发达的县城控制区、乡镇规划区和控制区范围内的村庄和城中村，宜推行农民公寓化，开发农民住宅小区。对于经济比较发达的城镇周边的自然村或零星村民住宅，应纳入城镇规划，有步骤地整体搬迁，向城镇集中。对于零星的、未能成片的住宅区及选址不在镇中心区和城镇近期开发建设重点区域，均不宜推行农民公寓化。对于离城镇较远、经济基础一般的村庄及以农业为主的村庄，也不宜推行农民公寓化，应按照有利生产方便生活的原则，建设中心村。要坚持从实际出发及节约的原则，防止大拆大建，扎实稳步地推进村庄治理。同时，要制定农民公寓的建设标准，严格控制大户型、豪华型公寓。
3．改革宅基地审批制度
加强农村宅基地规划和用地计划管理。省（市、区）对县（市）农村宅基地占用农用地年度计划指标实行单独核定、单独下达，避免城镇建设挤占农村宅基地用地指标。改革和完善宅基地审批制度，改变目前宅基地报批方式，一律以用地计划的方式报批，市、县加强农用地转用审批的规划和计划审查，强化土地利用总体规划和土地利用年度计划对农用地转用的控制和引导。对符合规划，符合农村宅基地占用农用地计划指标的，由市、县人民政府分年度一次性批准农用地转用，报省级人民政府备案。对存量宅基地的原址翻建改建，只要符合土地利用总体规划和村镇建设规划，由乡（镇）人民政府批准，县级人民政府实行备案制。
4.建立农村宅基地有偿使用制度
考虑到全国农村经济发展和农民承受能力差异性，农村宅基地的有偿使用制度宜循序渐进地推进，可先在直辖市及沿海城市等发达地区推行，待条件成熟时，再在全国实行。
5.建立农民宅基地使用权流转制度
到2020年左右，中国城镇居民总数要增长3亿人以上，同时每年将有1500万农民进城成为城市居民。种种趋势将引致不断增加的非农建设用地需求。与此同时，大量农民进城将导致空置住宅的不断增加。在合理的宅基地流转制度下，农民进城后宅基地将会成为农村非农建设用地市场的重要客体。
建立农民宅基地使用权流转制度，参照土地承包权的改革方向，调整农村宅基地的产权设置。确定每一块现状宅基地的长期使用者并依据规划新增或者缩并宅基地面积。允许农村宅基地在城乡居民内自由流转，彻底打破城乡二元分割的土地利用机制。进一步开展长三角、珠三角、环渤海等发达经济带周边的农村宅基地流转研究，探索建立与农村宅基地合法流转相配套的财税体制和集体土地产权制度等。
6.建立合理的宅基地流转收益分配机制
按照收益的初次分配基于产权的原则，宅基地流转中地的流转收益即绝对地租应归集体土地所有者，这就需要建立地、房分别独立核算体系。因国家投资的各类公共基础设施等产生的土地增值即级差地租Ⅰ归政府，但从鼓励农村宅基地流转角度考虑，国家不宜直接收取，应以不动产税、土地保有税及土地流转税等税收形式分享土地级差收益。这种分配方式有利于土地收益分配额度的量化。收益再次分配即级差地租Ⅱ应归宅基地使用权人。
7.建立统一的农民不动产登记制度，加快宅基地登记发证工作步伐
建立统一的农民不动产登记制度，流转中要加强农村宅基地的变更登记工作。
要明确登记发证中的相关政策界限，解决农村宅基地登记发证中超占面积、一户多宅等政策性问题，加快农民集体土地确权和宅基地登记发证工作步伐。有条件的市、县，应对农村宅基地进行一次普查，健全宅基地地籍档案。在技术基础方面应进一步健全和完善地籍调查规程及土地确权规定。积极探索“两图一表”（宅基地现状图和规划图、宅基地申请计划表）管理模式，实现宅基地规范化、信息化管理。
8.立足内涵挖潜，积极推进农村宅基地整理，推进新农村建设
土地整理是建立以工促农、以城带乡的长效机制的组成部分，是建设社会主义新农村的重要手段。农村宅基地整理潜力巨大。
积极开展农村宅基地整理，推进城镇建设用地增加与农村建设用地减少相挂钩试点工作。耕地后备资源匮乏的地区，城镇新增建设用地收益挂钩支付用于农村土地综合整治与新农村建设，有效解决新农村建设和农村建设用地整理的资金渠道，缓解土地整理工作的投入瓶颈。通过宅基地整理，改善农民居住水平和生活质量，加快新农村建设。
同时，要明确村庄整治、旧村改造腾退土地的产权界定、处置、使用及土地收益分配关系，充分考虑农民土地补偿及腾退土地收益，让农民真正从腾退土地中获益。严禁地方政府和房地产开发商借新农村建设、村庄整治、旧村改造的名义，利用腾退土地从事房地产开发，规避建设用地指标的审批与管理。
要加强宅基地整理后的指标折抵及指标空间置换等问题的研究，并允许宅基地整理折抵指标及置换指标的有偿流动，充分考虑土地权益均衡原则，建立宅基地整理激励机制。
9.建立规范、有序的农村宅基地市场体系
为完善社会主义市场体系，协调大量潜在宅基地供需，必须建立农村宅基地市场，其关键是形成合理的价格体系。
