征地制度改革是一项事关经济发展和社会稳定，涉及政府、用地者、农民集体和农户等多方利益关系的复杂的系统工程。要建立适应社会主义市场经济发展要求、切实维护农民合法权益的新型征地制度，还需要从理论和实践是解决好一些深层次的问题，并进行相应的制度创新。这些问题主要有：
第一，关于农民集体土地产权制度建设与完善问题。完善的产权制度是市场经济发展的重要基础。根据法律规定，我国农民集体土地所有权的主体有村农民集体、村内两个以上农村集体经济组织的农民集体和乡（镇）农民集体等三种，但谁是集体土地真正的产权代表，法律并未作用出明确规定；同时，集体土地产权主体的权能也不明确，集体土地所有权、农户的土地承包经营权及集体建设用地使用权等权利之间的关系不明确，乡（镇）、村、组及农民个人对集体土地应享有的权利不清楚。这些问题直接导致征地中的补偿内容、补偿对象、征地补偿费用的分配等制度的建立缺少法律依据，特别是《农村土地承包法》所赋予农民的长期而稳定的土地承包经营权在征地补偿中还属于空白，等等。从理论上理清这些问题，是形成科学合理的土地收益分配格局的前提，也是建立新型征地制度亟待解决的基础。
第二，关于在市场经济条件下如何测算农民土地财产价值问题。市场经济是法制化经济，公民的财产权应得到充分的法律�；�，这是世界各国市场经济发展的共同特征。集体土地是农民拥有的合法财产，而征地权是政府为了公共利益的需要而行使的行政权力，属公权范畴，政府行使征地权应以尊重和�；づ┟竦耐恋夭撇ㄒ嫖疤帷Ｆ渲凶钗丶奈侍馐�，在 征地过程中如何确定补偿标准，而如何确定补偿标准又不仅仅是个技术问题，而是涉及到征地补偿的原则、农地转用过程中土地增值收益分配、如何评估土地所有权价值等深层次问题。目前，在不少地方（尤其是城郊地区）的征地实践中，征地补偿标准已经突破了法定的“原用途”，被征地农民在一定程度上分享到了土地用途转变后的增值收益�！豆裨汗赜谏罨母镅细裢恋毓芾淼木龆ā贩⒉己螅鞯囟荚诎凑瘴募笾贫ㄕ鞯氐耐骋荒瓴当曜己驼鞯厍酆系丶�，以使征地补偿标准更加合理并被广大农民接受。但是，这仅仅是在现有法律框架下对征地补偿制度的有限度的改革，距离改革的最终目标还有一定的差距。
第三，关于缩小征地范围与集体建设用地使用制度改革问题。改革征地制度必须缩小征地范围，将政府征地权的行使范围真正限定在“公共利益”的范畴，这是大家的一致看法。但在目前条件下如何缩小征地范围，则是一个十分复杂的问题。首先，缩小征地范围遇到的第一个障碍，就是《宪法》有关“城市市区的土地属于国家所有”的规定，表明：按照现行宪法的规定，城市建设仍然必须采用成片征收的办法来获得土地，而不能真正按照“公共利益”来界定征地范围。其次，缩小征地范围，必须解决非公共利益用地获得集体土地的途径问题，亦即集体建设用地进入市场流转的限制需要打破，而允许集体建设用地进入市场流转，除了违背《宪法》关于“城市市区土地属于国家所有”的规定之外，还涉及到政府垄断城市土地一级市场、城乡统一的土地要素市场建设、土地流转相关税费征收办法、用途管制及土地登记等一系列相关制度的改革，需要规范政府行为、推进依法行政，影响极为深远。再次，缩小征地范围还涉及土地征收审批中需要设立征地目的的审查事项，需要对现行土地审批制度进行重大调整。所有这些都是政府需要面对的重大挑战。
第四，关于社会保障制度改革与失地农民基本生活保障制度建设问题。在我国逐步推进征地制度改革，目前还难以大幅度提高征地补偿标准的情况下，为失地农民建设基本生活保障制度显得尤其重要。但我国城市社会保障制度尚处于探索过程之中，高起点、高标准的城市社会保障制度有待于进一步完善，大部分地区的农村社会保障制度还没有建立起来，在这一背景下，如何建立适合失地农民特点的社会保障制度，是一个亟待解决的问题。而问题的另一方面是，在给失地农民建立基本生活保障制度之后，政府是否就万事大吉了呢，政府如何承担促进失地农民就业这个不可推卸的责任呢？
第五，关于土地税费制度的配套改革问题。征地制度改革的总体方向是缩小征地范围、改进补偿办法、落实安置责任、完善征地程序。这就意味着，地方政府通过征用—出让土地获取收益的空间将会越来越小。在市场经济条件下，政府应通过设立不动产税、征收土地增值税等途径获取土地收益，以解决公共事业投入资金问题。因此，通过土地税费制度的配套改革来促进征地制度改革是十分必要的。
总之，在全面建设小康社会的新时期，改革征地制度非常必要、非常紧迫，同时也是十分艰巨、十分复杂的。但我们相信，随着国务院28号文件得到贯彻落实，征地制度必将逐步走向完善。
